Nền tảng của thần học Zwingli là Kinh Thánh. Ông thường xuyên trích dẫn Kinh Thánh trong các tác phẩm của mình. Zwingli xem thẩm quyền Kinh Thánh là vượt trội hơn các thẩm quyền khác, chẳng hạn như thẩm quyền của các công đồng hoặc các giáo phụ.[65] Nguyên tắc chủ đạo của Zwingli trong luận giải Kinh Thánh đến từ nền giáo dục nhân bản và các hiểu biết mới của ông về Kinh Thánh.[66] Ông đặc biệt quan tâm đến ngữ cảnh và cố sức tìm hiểu mục đích của thông điệp đằng sau câu chữ. Ông áp dụng phương pháp so sánh các đoạn văn trong Kinh Thánh và tìm hiểu sự tương đồng giữa chúng. Ông miêu tả phương pháp trong tác phẩm A Friendly Exegesis (1527). Ông đã ứng dụng hiệu quả phương pháp này khi so sánh lễ báp têm với phép cắt bì (circumcision), và Lễ Vượt Qua với Tiệc Thánh.[67]

Zwingli bác bỏ thuật từ thánh lễ (sacrement) theo cách hiểu thời ấy. Đối với người bình thường, thuật từ này ngụ ý một hành động thánh hàm chứa quyền năng truất bỏ gánh nặng tội lỗi khỏi lương tâm. Song, theo Zwingli, thánh lễ chỉ là nghi thức khai tâm hoặc là lời nguyện hứa. Ông chỉ ra rằng ý nghĩa của nó trong từ nguyên sacramentum là lời thề.[68] Trong những tác phẩm ban đầu về báp têm, Zwingli tin rằng lễ báp têm là sự thể hiện lời hứa nguyện. Theo Zwingli, sẽ là mê tín dị đoan khi người Công giáo xem nước sử dụng trong lễ rửa tội có quyền năng tẩy sạch tội lỗi. Về sau, khi tranh luận với người Anabaptist, ông bảo vệ việc thực hành lễ báp têm cho trẻ sơ sinh, cho rằng luật pháp không cấm điều này. Zwingli lập luận rằng lễ báp têm là dấu hiệu của giao ước với Thiên Chúa, thay thế lễ cắt bì thời Cựu Ước.[69]

Tương tự, khi luận giải về ý nghĩa của Tiệc Thánh (Bí tích Thánh thể) trong cuộc tranh luận tại Zürich năm 1523, Zwingli bác bỏ ý nghĩa hiến tế trong lễ misa, ông lập luận rằng Chúa Cơ Đốc đã hiến tế một lần duy nhất, sự hiến tế này là trọn vẹn và có giá trị vĩnh hằng. Như thế, Tiệc Thánh là "sự tưởng niệm về sự hiến tế (của Chúa Giê-xu)".[70] Sau đó Zwingli phát triển quan điểm này, ông trích dẫn các đoạn Kinh Thánh nhằm bác bỏ giáo thuyết Biến thể của Công giáo Rôma cũng như thuyết Đồng thể của Luther, đặc biệt là Phúc âm Giăng 6: 63, "Ấy là thần linh làm cho sống, xác thịt chẳng ích chi."[71] Cách tiếp cận thuần lý và cung cách tìm kiếm sự soi dẫn từ Kinh Thánh của Zwingli hầu có thể thấu hiểu ý nghĩa của Lễ Tiệc Thánh là một trong những lý do khiến ông không thể đi đến sự đồng thuận với Luther.[72]

Mức độ ảnh hưởng của Luther trên thần học Zwingli từ lâu vẫn là đề tài thú vị cho các học giả nghiên cứu về Zwingli. Chính Zwingli từng khẳng định sự độc lập của mình đối với Luther. Những nghiên cứu gần đây nhất củng cố điều này. Tuy nhiên, Zwingli từng đọc các tác phẩm của Luther, tìm kiếm sự tương đồng và hỗ trợ cho quan điểm của ông. Zwingli dành cho Luther sự ngưỡng mộ lớn lao vì sự kiên địnhh của nhà cải cách người Đức khi ông đứng lên phản kháng Giáo hoàng.[73] Sâu sắc và súc tích, McGiffert đã tóm tắt những dị biệt căn bản giữa hai nhà cải cách như sau,

Thay vì dành cho trải nghiệm tôn giáo của mỗi cá nhân – nhận thức về việc được tha thứ tội lỗi - vị trí độc tôn trong ý thức hệ Cơ Đốc [như Luther đã làm], [Zwingli] dành vị trí này cho nền thần học tập chú vào quyền tể trị và ý chỉ tuyệt đối của Thiên Chúa. Thay vì xem nếp sống Cơ Đốc là sự bày tỏ, trong tự do và tự nguyện, lòng biết ơn đối với Thiên Chúa, [Zwingli] xem nếp sống Cơ Đốc là sự thuận phục ý chỉ thiên thượng được mặc khải trong Kinh Thánh. Thay vì tìm thấy ý nghĩa của Kinh Thánh trong sự tuyên cáo của phúc âm về tình yêu tha thứ của Thiên Chúa trong Chúa Cơ Đốc, Zwingli nhận ra ý nghĩa ấy trong sự mặc khải của Kinh Thánh về ý chỉ thiên thượng, và xem đó là chuẩn mực thẩm quyền cai trị nếp sống và tư tưởng Cơ Đốc, hơn là phương tiện của ân điển (các thánh lễ).[74]